DNA甲基化測序廠家表示，為DNA的甲基化由DNMTs催化。根據參與反應的酶的不同和反應過程的不同，DNA甲基化可分為從頭甲基化和維持甲基化。在DNA的半保守復制過程中，只有親本鏈被甲基化，新合成的DNA鏈被維持甲基化酶DNMT1甲基化。這個過程被稱為維持甲基化。從頭甲基化是指DNA鏈中胞嘧啶C5位點在一個新的獨立于已有甲基化DNA鏈的位點上的甲基化，由從頭甲基化酶DNMT3a和DNMT3b催化。

DNA甲基化測序廠家表示，通過對DNMTs基因的靶向抑制和全基因組作圖，進一步分析了各DNMTs的功能特異性，發現DNMT1和DNMT3a/3b的功能部分重疊，從頭甲基化酶DNMT3a/3b也具有一定的維持甲基化酶的功能。實驗證實DNMT3a/3b在DNA去甲基化的早期被募集，提示DNMT3a/3b可能也參與了去甲基化過程。此外，DNA甲基化酶還包括兩種特殊類型：DNMT3L和DNMT2。DNMT2的催化活性相對較低，DNMT2的缺失不會顯著影響整個基因組的甲基化狀態和細胞分化表型。

DNA甲基化測序廠家表示，DNMT3L本身對DNA甲基化沒有催化活性，但可以與DNMT3a或DNMT3b結合，既能促進DNMT3a或DNMT3b的催化活性，又能增加DNMT3a或DNMT3b對DNA鏈的親和力。除了DNMT3L途徑，還有研究人員通過質譜分析發現，即使沒有DNMT3L，DNMT3a和DNMT3b也能在體內外直接結合形成復合物，相互促進催化活性。當DNMT3a與DNA結合時，組蛋白的H3尾也參與調節DNMT3a的激活。組蛋白的H3尾與DNMT3a的植物同源結構域結合，導致DNMT3a的化學異形，從而激活DNMT3a。

　　DNA甲基化測序廠家認為與DNA甲基化的機制相比，對DNA去甲基化的研究相對較少，但近年來越來越受到學者們的關注。DNA去甲基化可分為主動去甲基化和被動去甲基化。在DNA半保守復制過程中，DNMT1的催化活性受到抑制，導致維持亞鏈DNA甲基化的過程出現障礙，進而導致甲基化胞嘧啶水平下降。這個過程叫做被動去甲基化。

主動去甲基化過程獨立于DNA復制過程，可分為兩種形式。一個是C5-甲基胞嘧啶(5mC)被十個十一轉移酶家族氧化成5-羥甲基胞嘧啶。另一種是胞嘧啶脫氨酶將甲基化的胞嘧啶轉化為腺嘌呤或胸腺嘧啶，錯配的堿基被切斷，導致去甲基化。