因為第三代測序已經研發流程中，NGS測序平臺在靶向甲基化測序分析方式中依然占主導性。因為PCR反映中欠缺內源和生成的熱穩定DNA甲谷丙轉氨酶，靶向甲基化測序信息內容將于PCR擴增期內被敲減，因而絕大多數DNA甲基化測序都取決于基因組DNA的預備處理，已有的DNA甲基化NGS測序分析技術分成三大類：亞硫酸鹽轉換、酶切和聚集。以下是一些常見甲基化分析方式基本原理、運用和相對性優勢。這個方法關鍵根據增加或混種雜交前基因組DNA的差異預備處理，關鍵詳細介紹幾類根據處理芯片和捕捉到的DNA甲基化分析服務平臺。

　　(1)DNA甲基化重亞硫酸鹽測序分析技術

　　經亞硫酸鹽處理基因組DNA中沒有甲基化胞嘧啶殘基可以比甲基化胞嘧啶迅速脫氨基并轉化成胰腺嘧啶。因為亞硫酸鹽轉換的DNA僅由三種不同類型的堿基組成，限制對其處理芯片混種雜交的適應能力，尤其是基因組區域范圍DNA甲基化分析。但亞硫酸鹽處理DNA非常適合測序分析，因為NGS測序平臺開發設計，亞硫酸鹽測序技術如今在DNA甲基化分析中實現主導地位。

　　從那以后，約150項科學研究應用RLGS來分析DNA甲基化。如應用RLGS科學研究98例人原發性腫瘤中1184個未選擇的CpG島基因組DNA甲基化水準，RLGS可以依照甲基化比較敏感限制性內切酶(MRE)靶向治療潛在性CpG結構域，該MRE能夠可選擇性酶切CpG結構域基因組聚集地區或預測分析可能出現約束性精彩片段的基因組編碼序列。根據二維凝膠電泳分離出來酶轉換所產生的約束性精彩片段，在單獨實驗操作中檢驗超1000個CpG結構域的CGI。RLGS廣泛用于結構域、區域人體 器官靶向治療科學研究，如印痕結構域和惡性腫瘤。除RLGS外，甲基化結構域間增加(AIMs)和甲基化比較敏感引物設計PCR(MS-AP-PCR)的增加，早已用于評定基因組甲基化水準。AIMs和MS-AP-PCR都依靠凝膠電泳、PCR物質差別和內切酶，如甲基化比較敏感或抵抗性限制酶。因為勞動效率大而屏幕分辨率比較低，這種疑膠分析技術正慢慢被替代。