• 這是描述信息

    DNA 6mA免疫沉淀測序 (6mA-IP Seq)

    項目介紹
    參數
    常見問題
    應用案例

     

    DNA 6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)

     

    N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一,

    在細菌、藻類及植物基因組中廣泛存在,在DNA錯配修復、染色體分離和毒力調節中發揮作用。

    6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)通過特異性抗體富集6mA甲基化的DNA片段,結合NGS測序技術在全基因組水平上分析6mA修飾信息。

     

    用心服務每一個項目

    專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;

    國內較早開發6mA-seq技術團隊之一, 嚴格的內參質控;

    已經完成藻類及動植物及人等多個物種6mA-seq項目經驗;

    專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。

     

     

    科學方案設計

    從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

    每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

     

     

    樣本類型和要求

    樣本類型

    樣本要求

    基因組DNA

    總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

    動植物、藻類、低等生物等

    按照送樣要求準備

    備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

     

     

    數據分析

    6mA-IP Seq

    分析內容

    備注

    標準分析

    1、測序數據質量評估

    過濾掉低質量數據,保證數據質量

    2、與參考基因組比對

    測序Reads 在基因組上的分布

    3、6mAPeak峰Calling

    6mADNA富集區域鑒定

    4、6mAPeak圖譜分析

    6mAPeak在基因組,染色體,功能元件上的分布

    6、組間差異6mAPeak分析

    尋找6mADMR及注釋

    7、差異6mAPeak基因分析

    相關基因GO,KEGG富集分析

    高級分析

    8、多組學整合關聯分析

    例如與轉錄組關聯分析

    9、其它定制化分析

    結合課題背景亮點挖掘

     

     

     

    未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

     

    案例分析:衣藻基因組6mA甲基化譜研究

    N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas.Cell. 2015;7;161(4):879-892.

    一、研究背景

    N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型。6mA在細菌中廣泛存在,在DNA錯配修復、染色體分離和毒力調節中發揮作用。相比之下,6mA在真核生物中的分布和功能還不清楚。

    二、方法流程

    取材:單衣藻(Chlamydomonas)

    測序:6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)

    驗證:UHPLC-MS/MS: 整體6mA水平

    三、研究結果

    1、對衣原體基因組中的6mA進行了全面的分析,在84%的基因中鑒定出6mA修飾;

    2、6mA主要位于轉錄起始位點(TSS)附近的AT二核苷酸上,具有雙峰分布,并顯示出激活基因的標記;

    3、在6mA分布存在周期性模式, 與TSS附近的核小體分布有關,表明在核小體位置上可能起到作用。

    四、研究結論

    6mA的全基因組圖譜及其在衣藻基因組中的獨特分布表明6mA在真核生物基因表達中的潛在調控作用

     

    這是描述信息

    郵箱:marketing@sz-acegen.com

    官網:http://www.curlymynatural.com

    地址:深圳市龍崗區立信路43號永昌大廈407-408室

    Copyright ? 2021  |  深圳市艾斯基因科技有限公司 All Rights Reserved.  |   粵ICP備16072881號  |  網站建設:中企動力 龍崗